Cơ quan này là một sự bắt chước có chủ ý từ bộ Lễ của Trung Quốc.[1] Thần kỳ quan ban đầu là một cơ quan trực thuộc của Thái chính quan (Daijō-kan).[2].

Cơ quan này mất khá nhiều quyền lực trong khoảng giữa thời kỳ phong kiến Nhật Bản, tuy nhiên năm 1869 Triều đình Minh Trị đã phục hồi lại cơ quan này. Nó đổi tên và dạng thức vài lần vào thế kỷ thứ 19 và 20 trước khi bị giải tán vào ngày 2 tháng 2 năm 1946. Ngày hôm sau, Thần xã bản sảnh thay thế Thần kỳ quan trông coi Thần đạo.